L’actualité numérique des industries de santé

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    L'Institut Pasteur se renforce dans l'analyse des big data

    PARIS (TICpharma) - L'Institut Pasteur de Paris a inauguré le 13 septembre son nouveau pôle d'expertise "Omics", dont la vocation est de générer, d'analyser et d'interpréter des big data dans les domaines de la biologie et de la santé, grâce à des équipes de recherche multidisciplinaires et une technologie de pointe.

    Implanté sur le campus de l'Institut Pasteur à Paris, l'ensemble "Omics" regroupe deux bâtiments disposant d'un total de 2.865 m²: le bâtiment Simone-Veil, qui accueille le pôle Biomics, et le bâtiment Alexandre-Yersin, qui abrite le centre de bioinformatique, biostatistique et biologie intégrative (C3BI).

    Au total, 9 millions d'euros, "intégralement financés par la générosité du public", ont été nécessaires pour la rénovation de ce qui était auparavant une résidence pour étudiants, et pour la création des infrastructures.

    Les "Omics data" font référence à "l'analyse à toute échelle de milliers, de millions d'informations" de façon simultanée, grâce au "séquençage à haut débit", a expliqué le directeur scientifique de l'Institut Pasteur, Olivier Schwartz, lors d'une présentation à la presse du nouveau pôle d'expertise, le 5 septembre.

    Batiments Omics Insitut Pasteur (source: Antoine Bonnafous)
    "Notre originalité réside dans l'approche multiparamétrique, multidimensionnelle, intégrée", qui "va de l'échantillon -bactérie, microbe, organe, humain- jusqu'à l'analyse et l'interprétation des résultats", a résumé le directeur.

    Ainsi, grâce à des équipements d'analyse biologique à la pointe (notamment séquenceurs à haut débit et microscopes électroniques et optiques), les chercheurs du pôle Biomics peuvent mener des études de génomique (séquençage de l'ADN de bactéries, champignons, parasites et virus), de transcriptomique (analyse des ARN), d'épigénomique (analyse des modifications épigénétiques de l'ADN), de génotypage (analyse des polymorphismes génétiques chez l'homme et la souris) et de métagénomique (caractérisation des communautés de micro-organismes).

    Le stockage, la classification et l'analyse des masses de données produites est permise grâce à l'expertise en modélisation mathématique, en biostatistiques et en bio-informatique des chercheurs du C3BI. Cette structure, qui a été lancée en 2015, a déjà contribué à 280 projets, a souligné son directeur, Olivier Gascuel, dans un communiqué de l'Institut Pasteur.

    Le pôle Omics doit ainsi permettre la "réalisation de travaux innovants", portant notamment sur l'exploitation du séquençage à très haut débit pour le diagnostic et l'épidémiologie, l'optimisation de la médecine de précision dans les maladies infectieuses, ou encore l'étude des réponses vaccinales et des maladies génétiques.

    Une plateforme de microbiologie consacrée à la santé publique

    Au sein des locaux du pôle Biomics, la plateforme de microbiologie mutualisée (P2M) a pour ambition de répondre à des problèmes de santé publique grâce au séquençage à haut débit, en routine, de pathogènes multiples. Cette technologie s'intègre dans le panel des outils de surveillance microbiologique en santé publique, et est accessible à l'ensemble des 20 laboratoires de référence (dont les 14 centres nationaux de référence -CNR).

    Batiments Omics Institut Pasteur (source: Antoine Bonnafous)

    Entre 500 et 700 échantillons sont analysés chaque semaine, a souligné le responsable de la plateforme, Vincent Enouf. Mené en collaboration avec la société d'analyse génomique IntegraGen, ce séquençage "industrialisé" est possible grâce à la "capacité d'analyse" des bioinformaticiens du C3BI, qui réfléchissent notamment au stockage des données de masse et à l'évolution de l'analyse des données dans le temps.

    Grâce à un protocole standardisé, unique quel que soit le pathogène analysé -virus, parasite, bactérie ou champignon-, seuls 10 jours sont nécessaires pour "sort[ir] l'essentiel des séquences", contre un mois auparavant. Un autre avantage est celui du coût, "minimisé" par rapport à celui que proposent d'autres sociétés: 63 euros par souche contre 150 à 200 euros.

    Ce service, qui est développé depuis 2015, a notamment été mobilisé lors de l'épidémie de salmonellose survenue fin 2017 chez des nourrissons ayant consommé des produits de nutrition infantile fabriqués par la firme Lactalis, ou encore pour caractériser les souches de Bacillus cereus responsables de bactériémies chez des nouveau-nés en réanimation néonatale et déterminer si le lait provenant du lactarium de l'hôpital Necker (Paris) était responsable de cette contamination.

    Sylvie Burnouf

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