L’actualité numérique des industries de santé

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    Health Data Hub: Stéphanie Combes fait le point sur les projets de recherche

    PARIS (TICpharma) - La directrice du Health Data Hub, Stéphanie Combes, a fait le point sur les différents projets relatifs à la recherche scientifique du Hub près d'un an et demi après sa naissance officielle, lors d'un long entretien accordé à TICpharma le 1er avril.

    Le Health Data Hub (HDH) aborde la recherche sous deux aspects principaux: l'accompagnement des projets pilotes, et dans une moindre mesure la mise à disposition d'ingénieurs, a rappelé Stéphanie Combes.

    Actuellement, 42 projets sont accompagnés, dont 27 sont des projets pilotes sélectionnés après des appels à projets, et 15 portent sur l'épidémie de Covid-19.

    "Les premiers projets sélectionnés sont souvent assez complexes, ils nécessitent de chaîner entre elles différentes sources de données, ce qui est le plus compliqué à faire d'un point de vue technique et réglementaire. Ceux sélectionnés lors de la deuxième vague sont plus simples", il s'agit surtout de projets travaillant sur de l'imagerie pour entraîner des intelligences artificielles (IA), ce qui ne nécessite pas de chaîner des données issues de différentes sources, a constaté la directrice. "Ils avancent donc un peu plus vite, tout comme ceux liés au Covid-19."

    D'un point de vue réglementaire, en 2020, 15 projets ont reçu un avis favorable du Comité éthique et scientifique pour les recherches, les études et les évaluations en santé (Cesrees), et 8 ont ensuite été autorisés par la Commission nationale de l'informatique et des libertés (Cnil).

    De plus, 14 projets vont être déposés à la Cnil au deuxième trimestre 2021, dans l'espoir qu'ils soient tous autorisés d'ici la fin de l'année.

    Plusieurs cadres réglementaires existent selon le type de porteur de projet et les données utilisées, rappelle-t-on: la procédure dite "classique", autorisation de la Cnil après avis du Cesrees; l'accès simplifié à l'échantillon général des bénéficiaires (EGB); l'accès permanent au système national des données de santé (SNDS) pour certaines institutions; et les projets faisant l'objet d'une déclaration de conformité à une méthodologie de référence (MR) définie par la Cnil.

    Parmi les projets pilotes, 20 relèvent d'une autorisation de la Cnil, 3 d'une méthodologie de référence ou d'un accès permanent, et 4 "utilisent des données strictement anonymes", ce qui est un cas de figure différent.

    La grande majorité des données accessibles via le Hub sont pseudonymisées et non anonymisées, rappelle-t-on.

    Parmi les projets Covid, 13 relèvent de la procédure classique et 2 d'une MR ou d'un accès permanent.

    A l'heure actuelle, seulement deux projets ont traité des données sur la plateforme du Hub, a indiqué Stéphanie Combes. Le premier, mené par la direction de la recherche, de l'évaluation, des études et des statistiques (Drees) avec des données de passages aux urgences issues de la base Oscour de Santé publique France (SPF), est "terminé".

    Le second est conduit par l'Institut national de la statistique et des études économiques (Insee). Il "utilise les données du SNDS Fast track pour étudier les inégalités sociales de santé" dans le cadre de l'épidémie.

    Mi-février, seules ces deux bases de données étaient disponibles dans le HDH, note-t-on.

    Premier autorisé, premier servi

    Les projets pilotes continuent d'avancer et ne sont pas tous au même niveau de progression, a détaillé la directrice du Hub. Ils arrivent sur la plateforme suivant l'ordre dans lequel ils ont été autorisés par la Cnil.

    "Pour construire le calendrier d'arrivée des projets, on croise différents facteurs: une expression de besoins techniques, on demande au porteur du projet de quelles technologies il a besoin; un calendrier d'ingestion en regardant l'effort de développement nécessaire; s'il y a encore des étapes contractuelles à franchir, un conventionnement à faire; et les travaux de préparation des données à faire du côté du porteur. Même s'il a déjà eu l'autorisation de la Cnil, un travail de préparation des données peut être nécessaire avant de les mettre dans le Hub pour les analyser. Toutes ces étapes prennent quelques mois."

    "Ce sera notre fonctionnement pour cette année: les projets sont autorisés par la Cnil, on les intègre à notre pipeline, ils sont priorisés ou pas en fonction de leurs demandes technologiques et de l'avancement des étapes réglementaires", a-t-elle résumé.

    Le projet Hydro, qui a été le premier à recevoir l'autorisation de la Cnil en juin 2020, "a franchi une nouvelle phase". Développé par la start-up Implicity, il doit permettre de développer une solution pour prédire les crises d'insuffisance cardiaque avec hospitalisation pour les patients porteurs de prothèses rythmiques implantables, rappelle-t-on.

    "Le chaînage des données issues des dispositifs médicaux [DM] avec celles de la Caisse nationale de l'assurance maladie [Cnam] est en cours, l'analyse doit débuter cette semaine", a indiqué Stéphanie Combes.

    "Au démarrage du projet, le taux de qualité de l'appariement des données était très mauvais, de l'ordre de 50%. Aujourd'hui, après 3 mois de travail, il est passé à 85%", a-t-elle souligné.

    "On apprend nous aussi à toutes les étapes, il faudra les reproduire pour d'autres projets", a-t-elle commenté. "Il n'y a pas toujours d'appariement, qui est le cas de figure le plus dur, mais c'est celui qui a le plus de potentiel car réunir les données des différentes sources les enrichit."

    Hydro bénéficie aussi de l'appui "d'un expert SNDS pour commencer à développer les algorithmes."

    Pour le projet Dromos, "sur le point d'obtenir son autorisation de la Cnil", le HDH "est en train de construire la partie appariement, il arrivera sur la plateforme au mieux en septembre."

    Dromos "réunit les données de la base nationale de données maladies rares [BNDMR], qui collecte des données sur le tout le territoire mais n'a qu'un ensemble minimal de données, avec les données de la Cnam; ce qui permettra de construire des parcours de soin pour les patients atteints de maladies rares, qu'on ne sait pas prendre correctement en charge".

    Concernant la partie technologique, "notre ambition est d'avoir à la fin [des projets pilotes] un catalogue de logiciels à peu près stabilisé. On ne pourra pas ajouter chaque logiciel à la demande, mais on est toujours dans la phase de design de notre produit." Un directeur de produit a été recruté pour ce chantier.

    Un appel à manifestation d'intérêts (AMI) doit aussi être lancé cette année afin de financer le développement de programmes utilisant des fonctions basiques, afin d'éviter aux utilisateurs d'avoir à les développer à nouveau.

    En tout, 6 personnes s'occupent de l'accompagnement des projets, ce qui n'est "pas suffisant" pour la directrice. Des recrutements sont en cours.

    Douze ingénieurs mis à disposition

    Le Health Data Hub a mis 12 ingénieurs à disposition des porteurs de projets, notamment pour aider à préparer les données, mais aimerait en recruter "4 ou 5" supplémentaires, a indiqué Stéphanie Combes. La durée maximale de mise à disposition est d'un an.

    Les ingénieurs peuvent s'occuper de plusieurs projets simultanément, et "vont dans les équipes" 4 jours par semaine, le dernier jour étant consacré au Hub.

    Ainsi, deux ingénieurs du Hub travaillent à l'entrepôt de données de santé (EDS) de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris (AP-HP) depuis un an. Ils participent au projet Bacthub, conduit par l'AP-HP et l'Inserm, pour étudier le lien entre la prise d'antibiotiques et le développement ultérieur d'une infection à bactérie résistante aux antibiotiques.

    "Ils ont consolidé une base de données de 50.000 patients provenant de 37 hôpitaux, avec des données de biologie, de microbiologie et de prescription de médicaments remontant à 5 ans. Ils ont traité de manière automatisée environ 112 millions de lignes pour mettre en qualité les données", a expliqué la directrice du Hub.

    Le projet de développement d'un outil d'interprétation des images d'échographie NHance, mené l'AP-HP et l'Inria, a bénéficié d'une ingénieure qui a développé un outil d'extraction automatique des images. "Extraire une image du système d'information prend environ 2 minutes, et il faut y consacrer une personne. L'outil développé a permis d'extraire 80.000 images en quelques mois."

    L'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé (ANSM) bénéficie elle aussi d'un data scientist pour le projet ORDEI (outil d’information des déclarations des effets indésirables), qui vise à calculer le taux de déclaration des effets indésirables des médicaments de manière automatique.

    "Un premier prototype a été réalisé, en s'appuyant sur des données ouvertes. Il vient de passer sur les données du SNDS et va évoluer pour devenir beaucoup plus précis."

    Le HDH a également "commencé à discuter" avec la Haute autorité de santé (HAS), pour savoir s'il est possible de "mieux mobiliser les données de vie réelle pour l'évaluation des produits de santé", a fait savoir la directrice sans plus de précisions.

    Les projets peuvent aussi bénéficier d'un appui financier, à l'image de Deep.piste, qui vise à améliorer le dépistage du cancer du sein grâce à l’intelligence artificielle.

    Un directeur médical recruté en mars

    Par ailleurs, le Hub s'est doté d'une direction scientifique et médicale, et a recruté en mars un directeur médical, Dr Roman Hossein Khonsari.

    Maître de conférences des universités-praticien hospitalier (MCU-PH) à l'Université de Paris (ex-université Paris-Descartes) et chirurgien maxillo-facial à l'hôpital Necker-Enfants malades à Paris (AP-HP) depuis 2017, le Dr Khonsari a été élève de l'Ecole normale supérieure (ENS) de Paris et du King's College de Londres, où il a obtenu en 2012 un doctorat (PhD) sur le rôle de la mécanotransduction dans le développement et la croissance crânio-faciale.

    Le recrutement d'un directeur médical "n'a pas été évident à conclure", a commenté Stéphanie Combes, indiquant qu'elle "cherchait à le faire depuis longtemps".

    Un conseil scientifique vient d'être mis en place. "Une vingtaine de médecins et scientifiques ont été identifiés. Ils vont nous aider à orienter des projets", a-t-elle ajouté. Sa composition sera publiée "dans quelques semaines" sur le site du Hub.

    Le conseil scientifique sera notamment chargé d'organiser un programme de bourses post-doctorales, "entre 4 et 6", qui seront financées par le Hub. Elles viseront "des thématiques qui nous intéressent mais que nous n'avons pas vocation à poursuivre, car nous ne sommes pas des chercheurs", telles que l'éthique, la cybersécurité ou la qualité des données, a-t-elle détaillé.

    Un réseau de 170 chercheurs affiliés a été mis en place. Le Hub utilise une liste de diffusion pour le solliciter "sur des questions structurantes, par exemple, le Hub a-t-il un intérêt pour la recherche en santé-environnement?"

    Il envisage de "faire la même chose avec des professionnels de santé et des start-up". Des échanges sont en cours avec l'association France Digitale.

    Un autre axe très important est "l'open science", pour lequel une cheffe de projet a été recrutée. Le Hub met à disposition de la documentation "pour encourager les acteurs" tels que la Cnam, la Drees et SPF à "mettre les données en open source" et à "ouvrir les programmes".

    Par exemple, une première version de documentation destinée aux primo-utilisateurs du SNDS historique a été mise en ligne sur le site du Hub, qui comporte une page dédiée.

    Les bases de données dans l'attente des textes réglementaires

    L'intégration des bases de données Covid au HDH se poursuit. "L'ingestion de Sivic est en cours, de même que l'appariement des données de Sidep et du système national d'information inter-régimes de l'assurance maladie (Sniiram)", a indiqué Stéphanie Combes.

    Le Hub est autorisé à collecter les données du SI "Vaccin Covid", une base de données "intéressante" mais "techniquement loin" d'être intégrée, l'arrêté étant paru très récemment.

    Concernant le catalogue (ou SNDS dit "élargi"), "l'intégration n'a pas du tout commencé puisque le décret n'est pas encore paru". Ce texte pérennisant le Health Data Hub et l'autorisant à collecter ces données, dont la parution initiale était prévue à l'automne 2020, est "espéré" en avril.

    L'arrêté listant les bases qui rejoindront le catalogue, qui doit suivre, "sera publié quelques semaines après un avis de la Cnil". Cela "devrait prendre 4 mois", ce qui laisse entrevoir une parution en septembre.

    Cependant, "la préparation des modalités de partage se poursuit avec les partenaires: les questions techniques pour l'ingestion des données, les canaux de données, les citations dans les publications scientifiques, les sujets juridiques… pour être prêt à signer les conventions" dès la parution des textes.

    Un catalogue des métadonnées "ouvert à tous" va être construit, pour "permettre de comprendre ce que comprennent les bases de données sans avoir accès aux données: quelles tables, quelles variables, sous quels formats, quelle qualité des données…", à l'image de ce que propose la base britannique UK Biobank.

    De multiples projets en parallèle
    Parallèlement aux principaux chantiers que sont le soutien aux projets de recherche, la structuration interne du Hub et la préparation des bases de données, le HDH mène de multiples projets, a fait savoir Stéphanie Combes.
    Un appel à manifestation d'intérêt à destination des sociétés savantes va être lancé afin de préparer de nouveaux "data challenges", portant potentiellement sur plusieurs pathologies, qui devraient avoir lieu à la rentrée.
    Le premier challenge avait été organisé à l'automne 2020 avec la Société française de pathologie et le "Grand défi" IA et santé. Il portait sur la détection des lésions pré-cancéreuses et cancéreuses pouvant survenir sur le col de l'utérus. Trois équipes ont reçu des prix allant jusqu'à 12.000 euros, et un article de recherche est en cours, a indiqué Stéphanie Combes.
    Le Hub planche également sur "un générateur de données de synthèse", c'est-à-dire des données de santé créées de toutes pièces, ce qui permettrait d'écarter les risques de sécurité, et sur des modèles de données internationaux, dont le modèle OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership). L'utilisation de modèles communs "rend envisageable l'application d'algorithmes développés à l'étranger" sur des données françaises, a-t-elle fait valoir.
    Il est aussi "en train d'identifier des entrepôts de données de santé [EDS] hospitaliers pour une initiative pilote" afin de travailler sur "l'articulation entre le niveau national, donc le Hub, et le niveau local".
    Enfin, une réflexion est en cours au sujet de "l'articulation du HDH avec d'autres hubs extérieurs au domaine de la santé, par exemple dans l'environnement, la socio-démographie…"
    LĂ©o Caravagna
    leo.caravagna@apmnews.com

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